En betydelsefull miljöåtgärd är omfattande investeringar i dagvattenanläggningar, vilket möjliggjort att dagvattnet såväl från hamnens befintliga ytor som de nya ytor som skapats i och med östra utbyggnaden kan renas. De nya ytor som tillkommit genom utfyllnaderna har lagts på en nivå som är anpassad för förutsedd havsnivåhöjning.
Dagvattnet från ca 100 ha av östra Trelleborg samt ca 50 ha av hamnens ytor i det östra hamnområdet passerar tre sedimenteringsbassänger (om totalt ca 13 000 m3 i normal driftsnivå) och två fristående reningsanläggningar, vilket innebär avsevärt förbättrad dagvattenavledning och därmed minskad risk för översvämningar. Reningen innebär 70-90 % avskiljning av föroreningarna i dagvattnet. Trelleborgs kommun och Trelleborgs Hamn har i samarbete investerat i dessa anläggningar.
Dagvattenanläggningen invigdes 2014 av miljöminister Lena Ek.